Η τραγωδία φαίνεται να ξεκίνησε όταν το σκάφος στο οποίο επέβαιναν περίπου 80 άτομα ανετράπη, λίγο μετά τις 12 τα μεσάνυχτα, όταν στην περιοχή έπνεαν άνεμοι 5 μποφόρ. Σύμφωνα με μαρτυρίες διασωθέντων υπάρχουν ακόμη 40 αγνοούμενοι.
Με την επίβλεψη του Ενιαίου Κέντρου Συντονισμού Έρευνας και Διάσωσης, στην περιοχή, 12,5 ναυτικά μίλια νοτιοδυτικά του νησιού, έσπευσαν δυο παραπλέοντα πλοία, σκάφη του Λιμενικού Σώματος, ένα ελικόπτερο της Πολεμικής Αεροπορίας και ένα ελικόπτερο του Πολεμικού Ναυτικού.
Από την θάλασσα ανασύρθηκε η σορός ενός ατόμου, ενώ 37 ακόμη διασώθηκαν και μεταφέρθηκαν στην Παλαιόχωρα Χανίων. Επίσης ένας ακόμη άντρας με συμπτώματα πνιγμού διεκομίσθη με ελικόπτερο στο Νοσοκομείο Χανίων όπου ήταν σε άμεση ετοιμότητα νοσηλευτικό και ιατρικό προσωπικό με επικεφαλής τον Διοικητή του Νοσοκομείου Γιώργο Μπέα.
Το συγκεκριμένο ναυάγιο ήταν η μία από τις συνολικά τέσσερις επιχειρήσεις που κλήθηκε να πραγματοποιήσει το Λιμενικό κατά τη διάρκεια της νύχτας στην ευρύτερη θαλάσσια περιοχή νότια της Κρήτης, καθώς τέσσερα διαφορετικά σκάφη απέπλευσαν ταυτόχρονα από τις ακτές της Λιβύης. Στις άλλες τρεις περιπτώσεις διασώθηκαν 37, 47 και 88 μετανάστες αντίστοιχα.
Στην περίπτωση του σκάφους με τους 47 μετανάστες διασώθηκαν από φορτηγό πλοίο, σε απόσταση 40 ναυτικών μιλίων νότια της Γαύδου, ενώ δεξαμενόπλοιο υπό τον συντονισμό του ΕΚΣΕΔ διάσωσε τους 88 28 ναυτικά μίλια νότια της Γαύδου και τους μετέφερε στο λιμάνι της Αγίας Γαλήνης.
